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Uenf cria mapa de expressão de genes da soja para pesquisadores e empresas

Pesquisadores da Universidade Estadual do Norte Fluminense (Uenf) produziram um mapa de expressão de genes soja derivado de mais de 1200 experimentos. O estudo foi publicado na revista Plant Journal e o mapa está disponível para consulta na página do laboratório. Com a compilação, feita com ferramentas de mineração de dados, os pesquisadores disponibilizaram a maior coleção de dados públicos de expressão gênica de soja, principal cultura agrícola do Brasil, que também é um dos principais produtores do grão no mundo.

Coordenador do projeto e professor do Centro de Biociências e Biotecnologia da Uenf, Thiago Venâncio explica que centenas de experimentos de expressão gênica foram acumulados ao longo da última década em bancos de dados públicos, mas a análise conjunta desses dados esbarra no acesso em plataformas de fácil uso e nas diferentes formas pelas quais os dados foram processados pelos autores em seus trabalhos originais. “Nós baixamos dados de mais de 1200 experimentos de transcriptômica e processamos essas informações de forma sistemática, buscando gerar um atlas transcricional de todos os genes da soja. A partir desses dados, fizemos análises para identificar, por exemplo, genes que são sempre expressos e genes tecido-específicos”, detalha o pesquisador, que recebe apoio da FAPERJ para a realização de suas pesquisas por meio do programa Cientista do Nosso Estado. A produção do artigo contou com a participação de Fabrício Brum Machado, Kanhu Moharana, Fabrício Almeida-Silva, Rajesh Gazara, Francisnei Pedrosa-Silva, Fernanda Coelho e Clícia Grativol.

Thiago Venâncio: ‘Nosso grupo está aberto a interações
com empresas interessadas em explorar estes dados’

O número de genes varia para cada organismo, e os seres humanos têm cerca de 20-25 mil, enquanto a soja tem mais de 50 mil. No entanto, explica Venâncio, conhecer o número absoluto de genes não é o bastante para entender a complexidade das espécies e dos processos biológicos. “Entender em que momentos, tecidos e níveis os genes são expressos é crucial para descobrirmos suas funções e como eles contribuem para a fisiologia e características do tecido em questão. Além disso, alguns genes têm funções especiais e são responsáveis por controlar outros”, diz o pesquisador, doutor em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (USP). “Os fatores de transcrição compreendem a principal classe de genes reguladores da expressão de outros genes. Ou seja, se você altera os níveis de expressão de um gene que regula outros, há um efeito cascata que pode ter imensa relevância biológica”, complementa. Os fatores de transcrição de soja foram detalhadamente analisados em outro artigo recente do grupo de Venâncio, também publicado no Plant Journal, em coautoria com o pesquisador Kanhu Moharana, egresso da Uenf.

Para o pesquisador, a disponibilidade desse mapa de expressão detalhado beneficia não só o conhecimento em torno do funcionamento da planta, foco da pesquisa básica, como identifica características potenciais para que se desenvolvam plantas mais produtivas, mais resistentes a pragas e a intempéries. “Devido a esta natureza, o trabalho tem implicações importantes na pesquisa básica, na elucidação de funções gênicas. No âmbito mais aplicado, este repositório pode ser usado na mineração de genes candidatos para o desenvolvimento de cultivares melhoradas”, diz. Venâncio também ressalta que o grupo está aberto a interações com empresas interessadas em explorar este repositório de dados.

Fonte: Faperj

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